حمام شیخ بهایی با یک سیستم پیچیده مهندسی ساخته شده است که در آن زمان با یک شمع گرم می شد .
در جریان دلیل گرم شدن حمام شیخ بهایی به کمک شمع نظر های زیادی وجود دارد ، و نظری که می توان قبول کرد این است که حمام شیخ بهایی با یک شبکه سفالینه لوله کشی زیرزمینی که در حد فاصل آبریزگاه مسجد جامع و حمام شیخ بهایی وجود داشته و از راه مکش طبیعی ، گازهایی مثل متان و اکسیدهای گوگردی را به مشعل خزینه حمام منتقل می‌کرده و این گازها به عنوان منبع گرما در مشعل خزینه می‌سوخته است و گرما تولید می کردند .
و همین طور یک احتمال هم وجود دارد که این گازها به صورت مستقیم از زباله های دفع شده در خود حمام جمع آوری شده و در تولید گرما استفاده می شده است .
در زمان ترمیم خانه شیخ بهایی که در نزدیکی گرمابه شیخ بهایی وجود دارد در کف زمین تنپوشه‌های سفالی و چاه‌های مرتبطی کشف شده که امکان دارد مربوط به طراحی حمام شیخ بهایی داشته باشد.
ودر جریان پژوهش های باستان‌شناسی در این منطقه کشف شد که فاضلاب شهر اصفهان توسط لوله‌های جمع آوری فاضلاب وارد خزینه حمام می‌شده است و این خود می تواند یک دلیل برای جمع آوری گاز ها برای تولید گرما برای حمام شیخ بهایی باشد .
در حقیقت شیخ بهایی با محاسباتی دقیقی و حساب شده خزینه حمام را به صورتی طراحی کرده بود که فاضلاب این مکان تبدیل به گاز متان شود و از این گاز برای تولید گرما استفاده می کردند .
و همین طور قسمتی از لجن‌های ته نشین شده در این فاضلاب ها برای تولید بیوگاز (گاز طبیعی)  مورد استفاده قرار می‌گرفت است ، به صورتی که شیخ بهایی با محاسبات و بررسی حجم لجن مورد نیاز برای ایجاد بیوگاز را تایین کرده بود و گاز تولید شده از طریق شعله‌هایی مخزن آب حمام را گرم می‌کرد و حمام را گرم نگه می داشت است .
به همین دلیل آب حمام شیخ بهایی با شبکه «دم و گاز» یعنی از طریق گاز متان فاضلاب مسجد جامع و چکیدن روغن عصارخانه شیخ بهایی (عصارخانه محلی برای تهیه روغن از دانه‌های روغن بوده است) در مجاورت حمام روشن می‌شده است و حمام گرم نگه داشته می شد .
یک شمع چگونه مخزن آب را گرم می کرده ؟
در سال‌های اخیر یک دانشمند مشهدی بعد از ۳۰۰ سال با شبیه سازی حمام شیخ بهایی به راز چگونگی گرم کردن یک شمع ، یک حمام را کشف کرده است .
فردی با نام علی‌اصغر برهمند که رئیس انجمن مخترعان خراسان رضوی است و طراح شبیه سازی حمام شیخ بهایی است ادعا کرده که مخزن آب این حمام از طلا بوده است زیرا طلا رساناترین فلز انتقال گرما است ، با حرارت کم انرژی زیادی تولید و آب منبع گرم می‌شده است و با این روش آب مخزن گرم می شده است .
در مدل تولید شده به دلیل کمبود طلا از مس استفاده شده است که در حمام های خانه ها هم می توان استفاده کرد و باعث صرفه جویی ۳۰ درصدی در مصرف سوخت گاز و انرژی می‌شود .
این مدل شبیه سازی شده توسط آقای علی‌اصغر برهمند که انجمن مخترعان خراسان رضوی تایید کرده است موفق شده دو نشان طلای سوئیس در سال ۲۰۰۶ و مدال طلای مسکو ۲۰۰۷ بگیرد .